No lo he probado, pero podrías hacer una prueba.

Te creas un fichero bat, por ejemplo lo llamas joyinicio.bat y pones lo siguiente:
start /B /MIN unidad:/ruta/joytokey.exe fichero.conf

este fichero bat lo que hará es llamar al joytokey con la configuración de teclas que metas en el fichero.

Y ahora en el inicio del equipo, en vez de llamar al joytokey, llama a este fichero bat.

Ya me contaras si funciona.

Un saludo