Parametro,

prueba a lanzar esa línea desde una ventana de msdos, supongo que usas Windows XP, no? (Inicio - Ejecutar y ponens CMD para que se te abra la ventana de MsDos).

En dicha ventana pones la línea de start ... , se te debería lanzar el joytokey con la configuración que hubieras metido en el fichero de configuración.

Si no te funcionara, revisa las rutas o por ejemplo, añade delante en tu caso:
cd c:\raton
start /B /MIN c:/raton/joytokey.exe raton.conf

a ver si así te funciona.

Ya me comentas.

Un saludo