Bienvenido al foro, es una alegría ver que cada vez tenemos más visitantes del otro lado del charco.

En cuanto a tus problemas, vamos a ellos:

Qué versión del .dat no-intro de NES estás usando? Te lo digo porque en la última versión hay un cambio "serio" en las ROMs y por lo tanto en el DAT. Al principio, dicho dat solo era válido para ROMCENTER aunque luego, el programador del CLRMAMEPRO dio soporte a las cabeceras y ya se puede usar el último DAT. De todos modos, yo todavía no lo he hecho, porque no tengo tiempo de ponerme a investigar cuál es el cambio y qué debo hacerle a las ROMs. Yo me he quedado en la versión 20051211 y funciona todo del modo habitual. 2366 ROMs hay en el DAT que uso yo.

De todos modos, viendo tu resumen del scan, fíjate que pone Missing Sets,Roms - 2366 de 2366, es decir, que te falta TODO. Así que al hacer FIX, te borrará todas las roms puesto que no ha reconocido absolutamente ninguna. Esos ficheros que borra, como ya has visto, van a parar a la carpeta backup del clrmamepro. Si cuando haces el scan ves que no te detecta ningún archivo, algo raro está pasando, así que nunca le des a las opciones fix hasta no estar seguro de que todo marcha bien.

Lo que me extraña es que al hacer rebuild si que te reconozca algunos juegos. Desde luego, todo lo que te ha copiado a la carpeta de roms con rebuild, estará bien, así que debes conservarlo.

Con respecto a qué hacer para conseguir todas las roms, ya sabes que es algo de lo que no se puede hablar en este foro, pero te recomiendo que te olvides directamente de los packs goodx. Hay ROMs No-Intro que podrás conseguir haciendo rebuild desde packs goodx (como ya has visto), pero otras no, ya que son dumpeos exclusivos del no-intro. Así que lo mejor es conseguir directamente los packs no-intro, que además son bastante más pequeños que los goodx.

Con respecto a tu problema de MAME, pues más o menos lo mismo. Estás pasando un dat 0.108 a un set del 0.53, así que es normal que haya muchos cambios. Y claro, han aparecido muchas roms nuevas que tú no tienes, así que no tendrás más remedio que conseguirlas. Las X significan que te faltan ficheros y lógicamente no se puede corregir a menos que descargues nuevas roms.