Para que cada uno de los jugadores sea reconocido por windows como un joystick diferente, debes respetar la numeración de los cables. Es decir, la primera mitad para el jugador 1 y la segunda mitad para el jugador 2.

Fíjate en el tutorial de la web como en el primer ejemplo, el segundo jugador no empieza a utilizar el cable 7, como sería lo lógico, sino que empieza en el 8 precisamente por lo que he dicho.