Eso era así. Neo-Geo no tenía capacidad de mostrar transparencias. Y para imitarlas, lo que hacían era imitarlas poniendo objetos parpadeantes. En un monitor arcade (o TV) viejas, al tener tiempos de refresco más lentos que los monitores de PC actuales (o TVs modernas), se suavizaba el efecto. Esto es posible imitarlo en MAME a través de la opción "feedback" (aunque creo que con el nuevo render esa opción ha desaparecido o al menos está más oculta que antes).