Buenas,

los juegos que funcionan o no dependen de la versión concreta de tu AdvMAME.
Yo no conozco una manera de eliminar del tirón las roms que no te carburan, pero se me ocurre esto: ejecuta el advScan, el cual te genera una lista de tus roms, separando las originales de los clones de los que no funcionan, etc. La verdad es que este reporte es bastante completo.

Una vez obtengas este listado, extrae la parte que se trata de las roms que no funcionan, y con algo de maña le añades delante de cada rom listada la instrucción

DEL

que en MSDOS significa borrar. Entonces, renombras ese fichero poniéndoles extensión BAT, lo ejecutas, y se te borrarán automáticamente todas las roms que no te carburan.