Con eso solucionas el tema de arrancar MALA al inicio, sólo con el usuario que hayas elegido te quedaría el tema de arrancar el joytokey, ¿no?

Te creas un fichero bat por ejemplo, arranca.bat y que contenga algo así:
joytokey.exe config.cfg
mala.exe

obviamente, delante de cada ejecutable tendrás que poner las rutas donde ambos programas estén instalados.

Y ahora en vez de poner en el inicio el MALA, pones ese fichero bat.Debería funcionarte, y ahora cuando entres con la cuenta del usuario elegido, se arrancaría el joytokey con la configuración que elijas y el MALA.

Un saludo