Te vamos a nombrar mister desgracias con el clrmamepro, jejej

Pues yo creo que el único método bueno y sencillo es el que has dicho de irle pasando el clrmamepro a la carpeta de archivos recuperados con todos los dats que tengas. Si además marcas la opción en el rebuild de que elimine del directorio de origen los archivos encontrados, aceleras un poco las siguientes pasadas con otros dats.

Otro método sería descomprimir todos los .zip y separar archivos por tipo de extensión para luego hacer el rebuild. Tal vez ahorres tiempo con el clrmamepro, pero por lo incómodo de estar descomprimiendo y reorganizando archivos, no creo que valga la pena.

Espero que tengas suerte.

PD.- También espero que no me ocurra algo parecido, que tengo 52GB de cosillas en 102.468 archivos Por cierto, te mando un privado.