Sip, puede ser por la gráfica. MAME dibuja los gráficos de los juegos en algún lado (no soy informático ) a su resolución original de modo "pixel perfect" sin usar la tarjeta gráfica. Y a partir de ahí, le hacemos las perrerías que queramos antes de dibujar por pantalla... y ahí es donde influye la gráfica. Por ejemplo, tu estás indicando que use direct3D 9, yo diría que con esa tarjeta, la versión 8 iría mejor. Y sin filtron ninguno, pues mejor todavía. Es cuestión de ir probando.

Yo hoy, en un Pentium 4 2400 con una geforce 4MX chusca solo con desactivar el filtro para imitar scanlines pasé de 50 fps en puckman a 350... así que mira...