He recibido tu autoexec y tu config en el mesajero (podías haberlos posteado aquí, jiji). Lo único diferente que veo es el EMM386. Yo no lo uso porque creo que entra en conflisto con el CWSDPMI. Preuba a quitar esa línea del config y me cuentas.

Por cierto, las pruebas de velocidad de carga de un juego hay que hacerlas siempre sin lanzador, para que éste no influya. Ejecuta directamente desde el MSDOS la instrucción dmame <nombredeljuego>