Compilar, como ya dijeron es convertir el código fuente (lo que un programador escribe) en un ejecutable (los programas que utilizamos). Los programadores de MAME utilizan código abierto, que quiere decir que dejan sus códigos fuente para que otras personas haga cambios en el programa, por ello al salir el MAME, sale rapidamente el MAME32 y a continuación el MAMEPlus y el resto de versiones, en la que cada uno le incorpora lo que quiere (y puede).
Por ejemplo tú te bajas el código fuente de MAME (está en http://www.mame.net/downmain.html) junto al programa que necesitas para compilar, que se llama compilador (en este caso es el MinGW), y una serie de utilidades más que también están en la página y ya estás en disposición de crear tu propio mame.
Si haces todo como se indica en http://www.mame.net/compile061win.html (esto era de la versión 0.61) obtendrás el mismo MAME que puedes bajar de www.mame.net.
Pero supongamos que editas el archivo \src\windows\config.c
buscas skip_gameinfo y encuentras lo siguiente:

puedes modificar el "0" por un "1" dejando:

después de este cambio si compilas yu MAME será un poco diferente al original, y es que por defecto ya no aparecerá la ventana que da datos de jego justa antes de cargarlo.
Lo que antes sería
mame shinobi -skip_gameinfo
ahora que por defecto skip_gameinfo está activado sólo tendrías que ejecutar
mame shinobi

Igual no me expresé muy bien y queda un poco lioso, pero espero que te ayude.
Saludos.