Al arrancar el ClrMamePro le das al botón "Create...", y te abre un diálogo donde para la primera caja de texto pone "Filename:" a la derecha hay un botón con 3 puntos. Le das y buscas el archivo MAME.exe o MAME32.exe o el que sea. Luego escribe algo en "Description:" tipo MAME 0.109, y le das al botón "Create Profile".
Al hacerlo te pregunta por dónde guardarlo, le das al OK (que lo guarda en la carpeta Profiles por defecto), y luego le das doble click al nombre que acabas de generar y que ves en la parte de laderecha arriba (debajo de donde pone Profile)