Al apretar el botón 1 del player 1, solamente te debería de salir "ctrl izq" , hay tienes que tener algo mal colcado, revisa el cableado de ese botón, pues usa dos teclas a la vez, aver si tienes algún puente con otro botón o algo.

lo de mame32 no se porque te pasará, el caso es que yo antes lo usaba y no tenia ese problema.
Has probado a usar algún front como el mala? es muy muy facil de configurar y mucho mas bonito y manejable que mame32...