Yo apostaría a que el disco duro esta petando.

A mi me pasó algo parecido. Windows me daba errores en el arranque, formateaba y todo correcto, pero a los pocos meses volvía a darme errores en el mismo o en otros archivos. Cambie el disco duro y se acabaron los problemas.

También puedes usar algún programa de diagnóstico del disco para que te diga si hay problemas. Uno muy bueno es spinrite.

Saludos y suerte.