Gameboy y Gameboy color -> BGB, el mejor sin duda alguna.

Neo-Geo -> Si en tu ordenador tiran bien los juegos con MAME, yo pasaría de usar emulador específico.

Master System, Game Gear -> Kega y Gens (este último porque consume menos ordenador y tiene muy buenos efectos para imitar TV con monitor de PC)

Nintendo 64 -> Project64, sería una pena perderse mario 64.

...y ahora no recuerdo más...