Perdona dj_rao pero no te entendí bien. ¿Ahora ya te funciona o aún no?
Probé tu .cfg en el MAMEPlus 0.109 y funciona perfectamente, aunque si quieres jugar a dobles vas a tener que modificarlo, porque coinciden las teclas "A" y "D" (son el disparo1 e izquierda en el segundo jugador).
Si no funciona igual es que no creó/modificó el archivo neogeo.ini (dentro de la carpeta ini), que debería tener esta línea:
neogeo.ini
Aviso también que este neogeo.ini es del MAMEPlus, el del MAME32 es distinto.