Pues la verdad es que no sé que te pasa. Bueno, en la carpeta ini deben estar las configuraciones de cada juego, que en teoría las carga después de las del driver (neogeo.c), por lo que aunque le pongas unos controles definidos a todos los juegos neogeo, si luego el juego tiene una configuración distinta, usa esta. Aunque me extraña que esto te pase en todos los juegos.
La verdad es que yo renombraría la carpeta en la que tienes el MAMEPlus, y en su lugar pondría otro MAMEPlus tal y como viene por defecto, y allí probaría de nuevo lo de las configuraciones.