Acabo de comprobar en la web de donde lo he comprado, la diferencia entre ambas conexiones entre AGP y PCIEXPRESS , y pone lo siguiente ( copio y pego )

Powerful ATI Radeon 9250 AGP or Radeon X550 PCIe chipset for great performance in 3D games as well as emulation

Es decir que n ose trata de la misma grafica, con la OCIEXPRESS dice la web , quese puede jugar con juegos en 3D, lo que me acabas de decir