Bueno, finalmente he podido hacer algo. Debo tener algun problema con el disco duro. Es uno que he encontrado por un cajon de 3 Gb, lo consegui formatear en FAT32, copie todos los archivos, etc...
Con un disco de arranque de win98 he podido darle sistema al disco, o al menos eso me dice que hace.
La realidad es que no arranca desde el disco duro. He descubierto que el problema con la disquetera era un cable que no hacia buen contacto, quiza al trastear para meter el disco duro.
Si dejo solo el disco, arranca el PC, lo detecta y se queda parado en el Verifying DMI Pool etc...
Asi que al final, aunque sea para probarlo, he arrancado desde el disquette de win98. Con este he vuelto a dar sistema a C:, y sigue igual ,no arranca desde el disco duro. Finalmente he arrancado con el disquette, y aunque fuese solo para probarlo, he ido a C: y he ejecutado el autoexec. La primera vez ha actualizado la lista de juegos (aunque la mayoria no estaban , solo he copiado unas pocas roms, pero pese a eso ha sacado una lista grande). He probado algun juego y me he encontrado con que de 4 juegos, 2 no han conseguido arrancar, me vuelve a la pantalla del menu. Ha leido las snaps, etc. Tambien me he dado cuenta que los que funcionaban tenia problemas con el scrolls, tanto horizontal como vertical. Imagino que tendre que dedicarme a estudiar el AdvMame para configurarlo. Otra cosa curiosa es que no he podido ver ninguna imagen al inicio, ningun logotipo.
El sonido tampoco he conseguido oirlo, pero esto quiza sea debido a que el ordenador tiene una SB16 que quiza deba quitar y conectarlo al de la placa.

Bueno, alguna sugerencia para el arranque desde el disco duro?

Un saludo,
dMode.

Edito porque es posible que tenga que ver algo en esta historia el comando FDISK? tengo un lejano recuerdo de que habia que dar, antes de darle sistema al dd, crear una unidad logica de DOS. Eso era asi? alguien recuerda los comandos?