¿Qué versión de las roms utilizas? El ADVMAME del ArcaDOS es la 0.102 y pudiera ser que tus roms fueran de una versión anterior y por eso no funcionan. Si quieres, dime qué ficheros llevan dentro los zip del Bubble Bobble y del Shinobi, y cómo se llaman esos ZIPs, y te lo investigo.