Supongo que tendrás la bios de neogeo en el directorio roms.
Cuando estás en el advmame, si pulsas la tecla F4 te sale un menú donde puedes seleccionar que tipos de juegos quieres mostrar en el listado:
Parent, Clones o ambos
Working, Non Working o Ambos
Verticales, Horizontales o ambos
Raster, Vector o ambos
Incluir los de DECO CASSETTE o no
Incluir los de NeoGeo o no

Y varias opciones más.

Y si no, en el advmenu.rc mira que esté esta linea:

las opciones de éste parámetro son include o exclude

Un saludo.