Incrementalmente, como casi siempre.

Creo que las primeras implementaciones de MC8123, FD1094 y FD1089 fueron de Nicola. Charles también estuvo involucrado en algunos de ellos, así que seguro que él proporcionó datos. No puedo decir cómo fue analizando Nicola los datos (porque, en general, eso sólo lo puede decir quien lo hace, y a veces ni él

), pero los logs indican que la implementación fue creciendo incrementalmente a medida que se analizaban nuevos juegos.
Más tarde llegó la preocupación de cómo intentar recuperar las claves de aquellos módulos ya muertos; esto podría haber sido más o menos imposible de no ser porque SEGA tenía en la época poca preocupación por las claves seguras (verás muchas fechas de cumpleaños en los fuentes) y unos generadores pseudoaleatorios inapropiados según estándares modernos (pero, claro, en aquella época no existía la misma concienciación con estos asuntos que ahora). Para eso no servía simplemente una emulación funcional compatible, sino que había que intentar entender cómo SEGA generó las claves.
Nicola de nuevo hizo un excelente trabajo con el MC8123 y descubrió el generador de números aleatorios que a la postre se vio que utilizaban todos ellos. Con ello consiguió revivir muchas claves. Después Aaron hizo lo propio con las FD1094 (
http://aarongiles.com/?p=203 y siguientes entradas) y un servidor consiguió entender la generación de las FD1089 (
http://andreasnaive.blogspot.com.es/2008/07/fd1089.html).
La reconstrucción de claves que se daban por perdidas ha corrido a cargo de un buen puñado de personas, así que no intentaré citarlas a todas para no desmerecer a quien me olvide.