En cuanto a la primera pregunta si la snaps estan renombradas conforme al estandar de goodgba simplemente pasale a las roms ese programa.
Si no intentalo con el artwork renamer
La ultima opción es a pelo con el programa total comander

Para la segunda en principio mamewah no acepta más que la ruta donde pones las roms.
Pero si esas subcarpetas son difernetes categoria siempre puedes hacer más de un ini con la estructura gba-1.ini gba-2.ini y en cada uno especifica las distintas subcarpetas