la verdad es que la palabra "solucionado" no esta muy bien elegida, porque mas que solucionar he tomado otra opcion.
el problema de parpadeo era debido a una mala resolucion que tomaba mame por defecto, al cambiarla, ya no parpadeaba pero no lograba que cuadrase en la pantalla.
mis problemas han desaparecido (casi) al utilizar la ultima version del mame (no el mame32) combinado con el mamewah.
ahora me va todo como la seda salvo que algunas roms no las puede cargar (supongo que en este caso debere actualizarlas con el clmamepro)

salu2