Yo no estoy muy puesto en el tema jamma, pero creo que solo admite tres o cuatro botones por jugador. Así que en un principio tu máquina no sería compatible con jamma. Si vas a construirte tú el panel de control, la compatibilidad con jamma sólo sería interesante si tuvieses pensado ponerle placas originales a tu maca.
Para el interfaz, da igual si hackeas un pad, un teclado, utilizas el interfaz lpt o lo que sea... los controles son todos digitales (salvo que quieras comprar joysticks analógicos, que llevarían un interfaz específico). Así que por ejemplo para un jugador con 6 botones y start usarías 6+1+4=11 entradas.
En cuanto a linux, realmente creo que es una opción interesante por su bajo consumo de recursos. Aunque no estén todos los emuladores ni front-ends disponibles para él, si que hay mucho. Había un post donde se hablaba de linux y se añadían enlaces donde poder encontrarlo todo... he buscado y no lo encuentro. A ver si aparece...
...granadinos si que hay por aquí (estuve hace diez días por ahí y cada vez me gusta más vuestra tierra

), échale un ojo a este post
http://www.forumcommunity.net/?t=1146828&st=0Un saludo.