Bubu, si estás usando el advmame. Lo suyo es que centres y cuadres las resoluciones una a una, al menos las más habituales. Me refiero a las utilidades advcfg y advv, que vienen con el paquete.

Primero centras la pantalla con el advcfg.exe, después con el advv.exe vas viendo cada uno de los modos que soporta tu tarjeta, y entrando uno a uno los vas cuadrando para que llenen toda la pantalla, los que te salgan en rojo directamente los borras, luego salvas, y te habrá generado las modelines en tu advmame.rc.

Eso si, hay que configurarlo uno a uno, pero tiene la ventaja que una vez configurado un modo, como puede ser 320x200@60Hz, todos los juegos que utilicen ese modo irán centrados.

Saludos.