Hola.

Lo de cargar el front-end al arrancar, lo puedes hacer en cualquier SO, por eso no te preocupes.

Si eliges linux, la oferta de front-ends y emuladores va verse seriamente disminuida, es cierto que hay emuladores para casi todo, pero los front-ends escasean. Además de eso la instalación y configuración será más complicada.

En el tema de sacar el video a 15Khz, estoy un poco pez en linux, pero el único método que conozco es el emplear advmenu + advmame, no se si habrá alguna forma de sacar los 15Khz desde el entorno gráfico X windows, creo que no por el momento.

En linux no podrás usar el hack del puerto paralelo para el panel de control, al menos no hasta que D_Skywalk tenga terminados sus drivers para linux.

Como beneficios, pués que un entorno linux es más limpio y correrá mas fino y también que aprenderás un monton de como funciona un sistema operativo de verdad.

Saludos.