Respecto al sistema de ficheros fat32, creo francamente que ya es hora de abandonarlo, para un disco duro de diez gigas puede estar bien, pero no esta diseñado para soportar particiones del tamaño que se hacen hoy día, es más rápido, pero también más inseguro, mucho más propenso a petar.

NTFS y los sitemas de ficheros de linux (ext3 y reiserfs) son mucho más confiables y funcionan mucho mejor con particiones grandes, son casi transaccionales y si hay un apagón inesperado hay pocas probabilidades de que se joda algo.

Es la única pega que le veo a DOS, aunque creo que hay extensiones para que soporte NTFS pero no se que tal funcionan. Por lo demás es un sistema perfecto para la maca, ligero y rápido en arrancar.

Para un hardware justito, lo ideal sería linux sin entorno gráfico, con advmenu + advmame, igual de rápido que MS-DOS pero con soporte para sistemas de ficheros modernos, red, usb, etc ...

En lo de tener varios sistemas para elejir en el arranque, lo de la disquetera lo veo un poco complicado, si tienes un j-pac o emulador de teclado se puede configurar un sencillo menú de arranque con lilo o grub.

Saludetes.