Eso es cierto, para intercambio entre varios sistemas, no hay más remedio que usar FAT32.

En teoría existe software que te permite leer y escribir ext3 en windows y software que permite leer y escribir NTFS en linux, pero yo los he probado y solo he obtenido múltiples quebraderos de cabeza y pobre rendimiento.

La verdad es que si sólo tienes mame, con una partición de 10 gigas vas servido, pero como tengas además chd´s, supernintendo, megadrive, sistemas de 8 bits ..., y todo con sus correspondientes screenshots (o videos) resulta que al final necesitas una partición gigantesca para tenerlo todo.

Otra opción (si quieres tener linux y windows) es tener las roms en una partición NTFS, ya que linux lee NTFS sin problemas, aunque no es capaz de escribirlo.

Saludos.