Hombre, para lo de ordenar las pistas, eso ya lo hace (y vastante bien) el proteus y si es mucho lio a 1 capa, siempre se puede hacer a 2 capas, que con una insoladora casera, se hace vastante bien.

P.D. me podeis decir de donde bajar la matriz que estais usando a ver si me pongo y os diseño una placa, a ver como sale...