esos shorcuts son archivos lnk. es decir accesos directos, lo único que tienes que hacer es lanzarlos como si fueran juegos de pc.
Para ejecutarlos a pantalla completa tienes que configurarlo dentro del plugin gráfico.

Para ejecutar el cd directamente sin necesidad de ningún lanzador escribe epsxe.exe -nogui y en el plugin de cd selecciona la unidad donde introduzcas el cd.
Si quieres liar más las cosas usa daemon tools para montar la imagen en la unidad virtual que creas, y ejecutas epsxe -nogui, es como si intrudujeras el cd original.

El archivo .bat a utilizar sería:

c:\archivos de programa\d-tools\daemon.exe -mount 0,"ruta del archivo.ext"
epsxe -nogui
c:\archivos de programa\d-tools\daemon.exe -unmount 0

De esa manera a través de cualquier frontend puedes ejecutar el fichero .bat
Si al la vez quieres ejecutar los lnk utiliza este otro archivo .bat

"c:\ruta del acceso directo.lnk"

Saludos