Hola Macarro.
A ver si te puede servir mi experiencia con cada disposición....ya que tengo las mismas que estas barajando en mis máquinas.

Opción 1:

En la Vertical, tengo dispuestos los botones tál y como muestras, eso sí, en perpendicular y no inclinados...como los muestras tú.
A mí me resulta comodísimo, ya que el arco, lo sigo teniendo...(por aquello de la forma ergonómica de la mano y tal)
También ten presente que tu usaras juegos tipo SF y sucedaneos.
Mi configuración es la siguiente:
Amarillo= Botón 4
Verde= Botón 5
Azul= Botón 6
Rojo= Botón 1
Negro 1= Botón 2
Negro 2= Botón 3
Para jugar, por ejemplo a un SF...(que puedo,eh!!!), tengo los puñetazos abajo...y las patadas arriba..(pero vamos...lo tengo así por perreria...ya que todo se puede configurar), y para los de NeoGEo...los tengo configurados tal como debe ser...Rojo/amarillo/verde/azul.
Los botones de crédito virtual no existen, ya que es la misma pieza de devolución/inserción de monedas del monedero.
Coloqué el Anti credit de Teckvan, así que tengo operativo tanto las monedas reales como las virtuales.
Así evito tener que poner un botón (o varios) tanto en el panel, como escondidos...o peor aún, en la misma puerta del monedero.
De esta manera queda totalmente oculto y disimulado.
Los botones de inicio (start para los anglosajones), en el mismo CPO, aunque bien podrían estar en el frontal del CPO.
Los botones de mantenimiento...los básicos. Eso ya va a gusto personal...pero yo lo prefiero así, que no tener que hacer un "combode2ogolpes" para poder escoger un Clon o salir del emulador...
Luego está el TB de 3", con sólo 2 botones...(Botón Izquierdo y dercho del ratón respectivamente), para jugar al Missile Command, uso los botones 1-2-3 del jugador 1.

Opción 2:

Aquí, al tener espacio de sobras...ni me lo pensé.
7 Botones configurados de la siguiente manera:
Fila superior de izquierda a derecha.: Botón 1-2-3 (Puño pequeño-medio-grande)
Fila inferior de izquierda a derecha: Boton 1-4-5-6 (NeoGeo y Patada pequeña-media-grande)
Si te fijas, repito cableado para el botón 1.
Así tengo configurado por defecto para todos los juegos la configuración tipo Capcom.
Luego además, tengo estas lineas en mi advmame.rc para que todos los juegos de Neogeo tengan los mismos controles...(asi evitas tener que configurarlos uno a uno):
neogeo/input_map[p1_button1] keyboard[0,lcontrol]
neogeo/input_map[p1_button2] keyboard[0,lshift]
neogeo/input_map[p1_button3] keyboard[0,z]
neogeo/input_map[p1_button4] keyboard[0,x]
neogeo/input_map[p2_button1] keyboard[0,a]
neogeo/input_map[p2_button2] keyboard[0,w]
neogeo/input_map[p2_button3] keyboard[0,k]
neogeo/input_map[p2_button4] keyboard[0,q]

Así tanto el jugador 1 y 2 tienen configurados los botones de NeoGEo.
Respecto al angulo y separación es la idéntica a las máquinas MVS de SNK. A pesar de eso...lo modifiqué un pelín...(acercando cada uno, para que me fuera más cómodo y se ajustara al tamaño de mi mano)
El boton de crédito virtual es sólo 1 y cuando lo accionas, mete monedas tanto para el jugador 1 como para el 2.
Ya sé que así es menos realista...pero eso no es importante para mí....prefiero ser un purista en el tema del video..

Bueno, nene...siento la chapa, pero para resumir, decirte sólo que las 2 opciones son cómodas y prácticas.
Si tienes espacio optaria por la segunda...(y eso que el panel de VA es de 60cm...y le he metido de tó!!!)

Un saludo.